Resmi Gazete'nin bugünkü sayısında yer alan karara göre, Osmanlı Devleti döneminde Mısır kökenli Ortodoksların dini merkezlerinden olan Sina Aziz Manastırı ve Başpiskoposluğu'na bağlı olarak İstanbul'un Balat semtinde Aya Yani Kilisesi ve Manastırı kuruldu.
Mısır'ın Osmanlı Devletinden ayrılması, 1923'te de Türkiye Cumhuriyeti Devleti'nin kurulmasının ardından cemaat vakıflarına yönelik 1935'te 2762 sayılı mülga Vakıflar Kanunu çıkarıldı. Kanunla vakıfların mal edinmesinin önüne geçildi. Ayrıca vakfedenin soyundan gelen özel bir yöneticisi olmayan ve Evkaf Nezareti tarafından yönetilen vakıflar, mazbut vakıflar (yönetimi idareye geçen vakıflar) olarak adlandırıldı. 1936 Beyannamesi olarak bilinen beyannameyle de vakıflara mal bildiriminde bulunmaları istendi.
Vakıflar İdaresi tarafından 1977'de yapılan teftiş sonucu düzenlenen rapor uyarınca kilise ve arazisi, mazbut vakıflar arasına alındı. 2002'de yapılan yasal değişiklikle ise cemaat vakıflarının mal edinmesinin önündeki engel kaldırıldı. Daha önce kayıt altına alınanların, başvuru halinde iadesine imkan tanındı.
Bunun üzerine, Sina Aziz Manastırı ve Başpiskoposluğu, vakfın mazbut halinin sona erdirilerek yönetiminin tekrar cemaatlerine bırakılmasını, taşınmazın da cemaatten oluşturulacak vakıf yönetimine iade edilmesi talep etti.
İdarenin, yapılan başvuruya cevap vermeyerek, başvuruyu zımnen reddetmesi üzerine, Başpiskoposluk, konuyu mahkemeye taşıdı. Açılan davada, yerel mahkeme ret kararı verdi, Danıştay da bu kararı hukuka uygun buldu. Bunun üzerine Başpiskoposluk, Anayasa Mahkemesine bireysel başvuruda bulundu.
Başvuruyu inceleyen Yüksek Mahkeme, Anayasa'nın 36'ncı maddesinde güvence altına alınan adil yargılanma hakkı kapsamındaki makul sürede yargılanma hakkının ve Anayasa'nın 35'inci maddesinde güvence altına alınan mülkiyet hakkının ihlal edildiğine hükmetti. İhlalin sonuçlarının ortadan kaldırılması adına yeniden yargılama yapılmak üzere, karar örneğinin yerel mahkemeye gönderilmesi kararlaştırıldı.
Kararın gerekçesinden
Mahkemenin kararında, Vakıflar İdaresi kararıyla kilise ve arazisinin mazbut vakıflar arasına alındığı, yönetimin idareye geçmesine rağmen bu durumun, tapudaki mülkiyeti ortadan kaldırmadığı "ancak malikin tasarruf yetkisini kısıtladığı" ifade edildi.
Kilise ve manastırın, 1936 Beyannamesi uyarınca müstakil bir vakıf niteliği kazandığı, 1977'de mazbut vakıflar arasına alındığı aktarılan kararda, cemaat vakfı olarak görülen kilisenin bağımsız bir yapısının bulunmadığı ifade edildi.
5404 sayılı Kanun uyarınca, mazbut vakıflar arasına alınmasına imkan kalmayan bir vakfın mazbut vakıflar arasına nasıl alınabildiğinin yerel mahkeme ve Danıştay tarafından verilen ret kararlarında yeterince açıklanmadığı aktarılan kararda, iade talebinin koşulları yönünden de herhangi bir değerlendirmenin yapılmadığı bildirildi.
Yüksek Mahkemenin kararında, şu ifadelere yer verildi:
"1977 yılına kadar cemaati tarafından fiilen kullanıldığı bizzat idarece tespit edilen kilise ve arsasından ibaret olduğu belirtilen bir taşınmazın açık bir kanun hükmüne dayanılmaksızın idarenin tek taraflı işlemiyle mazbut vakıflar arasına alınarak yönetimine el konulduğu ve iade talebinin de bu idari işleme dayalı olarak reddedildiği öne sürülen başvuruda, başvurucunun davanın sonucuna etkili, ayrı ve açık yanıt gerektiren müdahalenin kanuniliğine ilişkin iddia ve itirazları mahkemelerce ilgili ve yeterli bir gerekçe ile yanıtlanmamıştır.
Ayrıca idari işlemin dayanağı olan 1936 Beyannamesinin verildiği tarihten uzun yıllar sonra ortaya çıkan bir içtihada dayalı olarak bu beyanname uyarınca dini faaliyete konu mal varlığının müstakil bir vakıf olarak kabulü ile mazbut vakıflar arasına alma yönündeki uygulama da öngörülebilir değildir. Anayasa Mahkemesi açıklanan gerekçelerle mülkiyet hakkının ihlal edildiğine karar vermiştir."