19 Kasım sabahı yerel saatle 08.10'da İslam Tetkikleri Enstitüsü Müdürü Ord. Prof. MehmedŞerafeddinYaltkaya tarafından geleneksel Arapça değil Türkçe olarak kılındı.
İlk başta dini bir cenaze töreninin yapılması öngörülmedi. Ancak sarayda birkaç gün kalan kız kardeşi MAKBULE ATADAN, ağabeyinin cenazesi Ankara'ya nakledilmeden önce normalde olduğu gibi camide dini cenaze töreninin yapılması konusunda ısrar etti. Daha sonra, Diyanet İşleri Başkanı RIFAT BÖREKÇİ tarafından cami dışında da İslami bir cenaze töreninin yapılabileceğine ikna edildi.
Cenaze namazı, 19 Kasım sabahı yerel saatle 08.10'da İslam Tetkikleri Enstitüsü Müdürü Ord. Prof. Mehmed Şerafeddin Yaltkaya tarafından geleneksel Arapça değil Türkçe olarak kılındı. Dini tören sırasında fotoğraflara izin verilmedi. Cenaze namazına kendisine yakın kişiler, bazı generaller, din görevlileri, saray görevlileri ve on beş yıl Atatürk'ün yanında görev yapan Hafız Binbaşı Yaşar Okur katıldı.
Ölüm belgesini imzalayanlardan Prof. Mehmet Kâmil Berk, Atatürk'ün çenesini ipek mendille, ayak başparmağını ise bandajla bağladı. Cenazesi erteleneceği için cenazesi, Ankara'daki Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nden (GATA) bu amaçla gelen patolog Prof. Lütfi Aksu tarafından tahnit edildi. Daha sonra, kız kardeşi Makbule Atadan, yüksek rütbeli hükûmet yetkilileri ve memurları ve diğer nüfuzlu kişiler saygılarını sunmak için belirli zamanlarda gelirken vücudu dinlenmeye alındı. Atatürk'ün naaşı, ceviz ağacından çinko kaplı maun bir tabutun içine konmuştur. Bayraklı tabut 16 Kasım'da sarayın kabul salonuna bir katafalk üzerine yerleştirildi. Bruno Taut tarafından tasarlanan katafalkın her iki yanında, Kemalist ideolojinin altı sütununu simgeleyen üç yüksek meşale ile çevriliydi. Atatürk'ün naaşı, 19 Kasım'a kadar bu katafalkta tutuldu.
1) Atatürk'ün vefatı 10 Kasım 1938 günü öğleden sonra hükümetin resmî tebliğiyle kamuoyuna açıklandı.
2) Haberi duyan halkın üzüntü içinde Dolmabahçe sarayına hücum etmesi izdihama neden olmuştu. Bu kalabalık insan seli, Atatürk’ün cenaze namazının nerede kılınacağı konusunda tartışmalara neden oldu.
3) Hükümet camide kılınacak cenaze namazının kontrol edilemeyen yoğun bir kalabalığa neden olmasından endişe duruyordu.
4) Cenaze töreninin güvenliğinden sorumlu olan Fahrettin Altay, Başbakan Celal Bayar’la yaptığı görüşmede namazın camide kılınmaması durumunda istifa edeceğini söyledi.
5) Celal Bayar, hocalık bilgisine dayanarak Altay’a, bunun farz değil farz-ı kifaye olduğunu söyleyerek cenazenin camiye götürülmesinin dinen şart olmadığını anlattı.
6) Bununla beraber konu İstanbul Üniversitesi Öğretim Üyesi PROF. MEHMET ŞERAFETTİN YALTKAYA’ya soruldu. Yaltkaya böyle şer'i bir zorunluluk olmadığını, fakat bir kere de Diyanet İşleri Başkanı MEHMET RIFAT BÖREKÇİ'ye sorulmasının uygun olacağını söyledi.
7) Rıfat Börekçi cenaze namazı ilgili soruya şu sözlerle cevap verdi:
“O'NUN CENAZE NAMAZI, TERTEMİZ HALE GETİRDİĞİ BÜTÜN VATANDA, BU FARİZANIN YERİNE GETİRİLEBİLECEĞİ HER YERDE KILINABİLİR!”
19 Kasım 1938 günü saat 08.10’da Dolmabahçe Sarayı’nda salonun ortasındaki büyük avizenin altına konmuş iki masa üzerine tabut yerleştirildi ve cenaze namazı kılındı.
9) İmamlık görevini ŞERAFETTİN YALTKAYA, müezzinlikleri de HAFIZ YAŞAR ve HAFIZ İSMAİL yaptılar.